Hovedbygningen er et firefløjet anlæg i to etager. Den nordlige fløj er kirke og stammer fra klostertiden, mens de øvrige tre fløje er opført mellem 1450 og 1500. Disse fløje gennemgik en stor ombygning i midten af 1700-tallet, da arkitekten Laurids de Thurah ejede stedet.
Thurah ombyggede middelalderklosteret til de barokbygninger, der endnu står i dag.
Indvendig er store dele af Laurids de Thurahs ombygning også bevaret, og især kongesalen vidner om de Thurahs præg på stedet. Salen rummer mandsstore portrætter af de oldenborgske konger fra den første oldenborgske konge Christian I (1448-1481) til den danske konge i Laurids de Thurahs samtid, Frederik V (1746-1766).
Børglum klosterkirke ligger i hovedbygningens nordfløj. Den ældste del af kirken, den østlige del, er opført i 1200-tallet i romansk stil. Det er resterne af et storstilet byggeprojekt, som tidligst er igangsat omkring år 1220. Projektet gik i stå 1250'erne, og kirken fik aldrig den prangende udformning, som den havde været tiltænkt.
Skibet, der ligger i kirkens vestlige del, er i gotisk stil. De ældste dele er opført i slutningen af 1200-tallet, men skibet blev ombygget omkring år 1500 - formentlig på grund af en brand.
Især Frederik Kiær, der ejede Børglum frem mod midten af 1700-tallet, var gavmild mod klosterets kirke, således er en betydelig del af kirkens interiør skænket af ham. Heriblandt den næsten 12 meter høje altertavle, der i bredden fylder hele østvæggen.
Bygningerne er hvidkalkede og belagt med rødt tegltag.

Avlsanlægget består af mange separate bygninger, der er opført på forskellige tidspunkter i 1800-tallet, såvel som i forbindelse med en gennemgribende renovering i 1956.
Avlsgården ligger umiddelbart syd for hovedbygningen og udgør sammen med denne et regelmæssigt anlæg, der samler sig om en stor gårdsplads.
De nordlige avlslænger støder op til hovedbygningens vest- og østfløj, mens fire længer mod øst samler sig om en mindre gårdsplads. Anlæggets lade ligger nord for hovedbygningen. Avlsbygningerne er opført i gule mursten

Til Børglum hører en række huse og en mølle. Børglum Kloster Mølle blev opført i 1887 til erstatning for godsets tidligere stubmølle.

Til Børglum Kloster hører der to haver. Den ene grænser op til hovedbygningens nordøstside på den ene side og har Børglum kirkes kirkegård på den anden. Den anden have ligger syd for hovedbygningen og er adskilt herfra med en vej.
Til Børglum hører der også en 115 meter høj fredet galgehøj. På Galgehøjen ligger Børglum Kloster Mølle.
Historisk samfund har rejst en mindesten for den hellige Skt. Bodils Kilde, der har ligget ved Børglum Kloster.